לצד צילומי העיתונות והתיעוד עסק בראון בשני תחומים ייחודיים, המשיקים לאהבתו לטבע, מעל ומתחת לפני הקרקע. בשנת 1952 פגש בראון באילת את "החבורה הצרפתית של ז'אק איב קוסטו" (שהיה אקולוג, חוקר ימי ואבי הצילום התת־מימי, ג"ר), כפי שהוא קרא להם. "הם צילמו אז צילומים תת־ימיים בים סוף, הם אלו אשר לימדו אותי לצלול; כשראיתי את הנוף מתחת למים, מיד נדבקתי בחיידק הצילום תת־הימי". "האמן־צלם ורנר בראון / דור המדבר של הצילום בישראל", שלמה הרפז, זמן מבשרת, 18.1.2007, עמ' 26 בראון הוציא לאור את הספר "הים האדום – כחול במעמקיו" (1966), המסכם בתצלומי צבע את שנות פעילותו התת־מימית. וכך כתב בדברי המבוא לספר: "המקום: אהבתי לשבת על חופה (של אילת, ג"ר) בשעות בין הערביים ולהתבונן בחילופי הצבעים שעה שהשמש נעלמת והולכת מאחורי הרי סיני [...] אכן עכשיו אדום 'הים האדום' באמת. ואף על פי כן, אין איש יודע עדיין לבטח מנין לו לים סוף שם זה, 'האדום' [...] מכל מקום, אף אלה הקוראים לים סוף 'האדום' מתענגים על יפי צבעו הכחול".

בראון החל לצלם צילומי אוויר ב־1966. באותה תקופה הוא הכין דֶּמו מרשים ומרתק לספר "ישראל ממעוף הציפור", שמעולם לא יצא לאור, והדפיס תצלומים בשחור־לבן מכל חלקי הארץ, מצפון לדרום. "במה שנוגע לצילומים מן האוויר, צילום תת־מימי וצילומי סקי, זה משהו שקיים בי מילדות: הרצון 'לעוף' באוויר. פעמים רבות חלמתי שאני רוצה לעוף." "מלחמה, שלום והומור", גיא רז משוחח עם ורנר בראון, סטודיו 124, 2001, עמ' 72 "האהבה הגדולה שלי היא הטבע [...] צריך הרבה סבלנות כדי צלם מתחת למים – לחכות הרבה זמן עד שמשהו יקרה, וכשזה קורה זה מדהים. ובאותה מידה אני מאוד אוהב לצלם באוויר, שם זה ממש הפוך מהמים, כי שם הכול מהר. אבל גם את היבשה אני אוהב לתעד." "צילומי ורנר הצעיר", כתב: אייל אוחנה, צלם: אוריה תדמור, כל העיר, 6.7.2007, עמ' 81